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Si parla di cromatografia di ripartizione quando la fase stazionaria è un liquido che impregna un solido granulare inerte, in cui le sostanze da separare si solubilizzano.
Durante l'eluizione le molecole delle sostanze si dispongono (ripartiscono) dinamicamente tra le due fasi a seconda della loro affinità in esse. Scontato ma importante, le fasi (stazionaria e mobile) devono essere immiscibili fra loro.
Le due tecniche che ad oggi sfruttano il principio della ripartizione sono la gascromatografia e la cromatografia liquida ad alta prestazione (HPLC).
Il fenomeno della ripartizione viene sfruttato per la separazione in colonna degli analiti, che a seconda delle caratteristiche chimico fisiche si legheranno più o meno stabilmente alla fase stazionaria e quindi avranno diverso tempo di ritenzione.